滤器的安装必须谨慎，勿使滤材折皱、破损。框架应大小合适，结合紧密，保持密封。安装地点要保持干燥，不用时应加盖防护罩，减少表面尘土沉积。通风过滤时，应控制流量，勿使滤材受力过大而破损。

滤器使用前、后与使用时，应建立检查制度，发现下列情况即需更换：①滤材折皱、破损；②框架松脱；③滤材表面有真菌生长；④阻力增大，超过风机负荷（一般不超过10Pa）或影响流量。

使用过的滤器，积满灰尘与微生物，特别是用于烈性菌实验室与生物气溶胶防御工事的滤器，危险性较大，因此更换时应进行消毒。

    对于能向外排风的滤器，先就地做初步消毒，拆下后再做进一步的处理，初步消毒的方法，可在室内向滤器的出风口处喷以消毒液气溶胶30分钟，喷药同时开动风机，使药液随空气分散到滤材各处。消毒处理后，静置一夜即可取下，如使用甲醛溶液，用量为35ml/m³,为防止甲醛聚合在管道与框架上，可用甲醇稀释以减少聚合反应，对不能向外排风的滤器，可先向滤器正反两面喷以消毒液，防止微生物颗粒飞扬，然后小心卸下，装于塑料袋内，拿到外面再进行环氧乙烷熏蒸、消毒液浸泡或压力蒸汽灭菌等方法处理。拆卸时，工作人员必须做好个人防护，以免吸入或接触到滤器上的病原微生物。事后，应进行认真的消毒处理。